本作品舞臺設(shè)定于前作一萬二千年后的世界。作為普通市民的阿瑪塔?空，在播放《Aquaria舞動于空》的戲院中遇到看一次就迷上電影的御子乃?鈴白，二人后來亦因?yàn)檫@個(gè)話題而開始到城中閑逛。這時(shí)候，Altair界向他們生活的城鎮(zhèn)進(jìn)行兩年來幾乎沒有停過的攻擊，不同的是今次出現(xiàn)了新型Abductor，令人類一方——由圣天使學(xué)園學(xué)生操控的機(jī)械天使Aquaria沒法招架。戰(zhàn)火很快波及到剛剛認(rèn)識的二人，阿瑪塔在危急關(guān)頭使用身體潛在的Element能力飛走，卻又突然被Aquaria系統(tǒng)選中為Vector Z駕駛員……終焉所引