國(guó)際安全局的王尚恩（安志杰 飾）率萬(wàn)飛（周杰倫 飾）等部下遠(yuǎn)赴約旦，押送制造天花病毒變體的科學(xué)家肯納，豈料王尚恩叛變將肯納劫走，萬(wàn)飛頭部受重傷，他同隊(duì)中的心上人也在這次任務(wù)中身亡。三個(gè)月后，王尚恩等人研制的病毒造成一艘貨船上的人們盡數(shù)死亡，而他此時(shí)準(zhǔn)備販賣(mài)疫苗謀取暴利；萬(wàn)飛在醫(yī)院中被告知頭部的子彈無(wú)法取出，神經(jīng)受損導(dǎo)致他兩周后會(huì)有生命危險(xiǎn)，萬(wàn)母向其透露他有一個(gè)失散多年的哥哥。為了完成母親心愿，萬(wàn)飛前往吉隆坡尋找哥哥萬(wàn)陽(yáng)（謝霆鋒 飾）。飛機(jī)上與萬(wàn)飛同行的簡(jiǎn)博士恰巧是王尚恩一伙準(zhǔn)備用來(lái)替換肯納的病毒專(zhuān)家，